Скачиваем дистрибутив, распаковываем, устанавливаем и приступаем к обработке напильником:

1. Скачиваем иконку и копируем ее в C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Web Server Extensions\14\TEMPLATE\IMAGES\
2. В файл C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Web Server Extensions\14\TEMPLATE\IMAGES\docIcon.xml добавляем строку: <Mapping Key="pdf" Value="pdf16.gif"/>
3. В Central Administration — General Application Settings — Farm Search Administration — Search Service Application — File Types добавляем новый тип файлов: pdf
4. Запускаем редактор реестра:
   1. В ветке HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Office Server\14.0\Search\Setup\Filters создаем ключ .pdf
   2. Добавляем в свежесозданный ключ следующие значения:
      "Extension"="pdf"
"FileTypeBucket"=dword:00000001
"MimeTypes"="application/pdf"
   3. В ветке HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Office Server\14.0\Search\Setup\ContentIndexCommon\Filters\Extension создаем ключ .pdf со значением по умолчанию типа REG_MULTI_SZ и содержимым {E8978DA6-047F-4E3D-9C78-CDBE46041603}
      Примечание: Задача нетривиальная, т.к. по умолчанию, при создании любого ключа, создается значение по умолчанию с типом REG_SZ. Самым простым способом решения задачи является экспорт в файл любого другого ключа из той же ветки, правка файла и импорт обратно в реестр.
5. Перезапускаем службу SharePoint Server Search 14 (OSearch14)

Если контент уже был проиндексирован, то запускаем добавочный обход содержимого.

Источники:

Configuring PDF iFilter for MS Sharepoint 2007

Issues with PDF Ifilter 9.0 on Windows Server 2008 R2

How to configure PDF iFilter for SharePoint Server 2010 or Search Server 2010